Wenn man viel zwischen Eclipse IDE Versionen hin und her wechselt, kann es sein, daß die Eclipse eigenen und systemweiten Einstellungen nicht behalten werden.
Das kann auch z.B. die Passworte für den Proxy Server betreffen, wenn man in einer Firma arbeitet
Die Systemweiten Einstellungen liegen in %USERHOME%/.eclipse.
Wenn z.B. es Ärger mit den Passworten gibt. kann man einfach den Ordner .eclipse/org.eclipse.equinox.security umbenennen.
Nach einem Neustart von Eclipse sollte das Speichern von Passworten wieder funktionieren.

Das dynamisch mit verschiedenen Versionen laufen zu lassen braucht sicher noch ein paar Scripte, die für Windows und Linux leider stark unterschiedlich sein werden…aber man braucht ja noch Projekte 😉